Les alchimistes sont des scientifiques capables de décomposer et de recomposer la matière (il peuvent changer du plomb en or par exemple). Cependant, ils sont soumis à la loi de l'équivalence, c'est a dire qu'il ne peuvent créer quelque chose qu'à partir d'une autre chose de la même masse. Edward et Alphonse Elric sont les fils d'un alchimiste réputé. Un jour, leur père quitte la maison pour des raisons inconnues, et leur mère meurt quelques années plus tard. Les deux enfants, livrés a eux-mêmes, connaissent déjà tous les rudiments de l'alchimie. Ils décident alors de ressusciter leur mère par ce moyen. Mais la transmutation humaine est un acte tabou et interdit, et les frères en font les frais : Ed perd un bras et un jambe et Al perd son corps entier. Ils décident alors de se mettre en quête de la pierre philosophale, trésor légendaire de l'alchimie, capable d'augmenter les pouvoirs d'un alchimiste à l'infini et donc de passer outre le principe de l'équivalence; c'est comme ça que commence leur aventure pour retrouver leurs corps d'origine...
